Studiował w londyńskiej Guildhall School of Music & Drama, gdzie kształcił się w zakresie śpiewu operowego i otrzymał European Premier Prix z wyróżnieniem.
Uznany za jednego z czołowych wykonawców repertuaru barokowego, João Fernandes występuje w przedstawieniach operowych i na koncertach z wieloma czołowymi dyrygentami, m.in. Williamem Christie, Hervé Niquetem, René Jacobsem, Andreą Marconem, Christophem Roussetem, Laurencem Cummingsem, Christianem Curnynem, Harrym Bickettem, Ivorem Boltonem, Markiem Minkowskim, Christiną Pluhar, Ottaviem Dantone, Marcosem Magalhãesem, Alfredem Bernardinim, Michelem Corbozem, Fransem Brüggenem, Leonardem Garcíą Alarcónem, Raphaëlem Pichonem, Sir Colinem Davisem, Raymondem
Leppardem, Martinem Pearlmanem, Paulem O’Dette & Stevenem Stubbsem, Johnem Neschlingiem czy Davidem Sternem.
Główne angaże operowe: Giove w operze La Calisto (Royal Opera House, Covent Garden), Huascar w Les IndesGalantes (Teatro alla Scala), Claudio w Agryppinie (New York City Opera & Göttingen International Händel Festival), Tiferne w Eliogabalo (Théâtre Royal de la Monnaie & Innsbruck Festival), Bellone w Les Indes Galantes (Opéra de Paris), Orcan w Les Paladins (Théâtre du Châtelet, Megaron w Atenach, Bunkamura w Tokio), Huascar w Les Indes Galantes (Opernhaus Zurich), Seneca w Koronacji Poppei oraz Don Alfonso w Così fan tutte (Opéra de Lyon), Satyr i Momus w Platée (Theater an der Wien, Opéra Comique), Corésus oraz Le Ministre de Pan w Callirhoé (Opéra de Montpellier), Don Lazaro w La Clementina (Teatro Español Madrid), Seneca w Koronacji Poppei, Polifem w Acisie i Galatei oraz Sarastro w Czarodziejskim flecie (Elgyn Theatre, Toronto), Hidraot w Armizie (Elgyn Theatre, Glimmerglass Festival, Pałac w Wersalu), Pallante w Agryppinie (Vlaamse Opera oraz Oviedo), Hérault, Bass Choryphée oraz Apollon w operze Alcest (Aix-en-Provence), Neptun w Powrocie Ulissesa do ojczyzny (Boston Baroque), Polifem w Aci, Galatea e Polifemo (Concerto Copenhagen), oraz Nerbulone w Eliogabalo Cavallego (Grange Park).
João Fernandes często występuje też w repertuarze koncertowym i z recitalami – występy w Cité de la Musique, Palais Garnier, Théâtre du Châtelet, Salle Gaveau oraz Théâtre des Champs-Élysées w Paryżu, Théâtre Royal de la Monnaie oraz Palais des Beaux-Arts w Brukseli, Concertgebouw w Amsterdamie, Gulbenkian Foundation w Lizbonie, Teatro alla Scala, Narodni Divadlo w Pradze, Bunkamura w Tokio, Barbican w Londynie, Festival w Innsbrucku oraz Misteria Paschalia w Krakowie. Najważniejsze angaże to również Msza c-moll Mozarta oraz Pulcinella z Gulbenkian Orchestra, Dixit Dominus Händla (London Philharmonic), Les Indes Gallantes z Orkiestrą XVIII Wieku, Polifem w Aci, Galatea e Polifemo – Halle Festival z The English Concert, Pasja wg św. Mateusza Sebastianiego (Boston Early Music Festival) Polifem w Acis and Galatea z English Chamber Orchestra oraz Podróż zimowa Schuberta (Cultural Centre of Belem w Lizbonie z pianistką Ladą Valešová).
Nagrania solowe artysty: Les Indes Galantes (DVD, Palais Garnier) Motety Mouliniego w Wersalu z Williamem Christie i Les Arts Florissants, płyty CD z repertuarem operowym i oratoryjnym pod batutą Christiego, Niqueta,Pluhar, Pichona, Marcona, Rousseta, w tym nagranie wytwórni Decca (jako Fabrizio w Il tutore burlato z zespołem Les Talens Lyriques, Pluton w Prozerpinie z zespołem Le Concert Spirituel, La Clementina Boccheriniego z Andreą Marconem i Venice Baroque Orchestra dla Deutsche Grammophon oraz Seicento Oratorios z Los Musicos de Su Alteza i Luisem Antoniem Gonzálezem dla wytwórni Alpha. Artysta wystąpił też jako Polifem w Acis and Galatea z English Chamber Orchestra pod dyrekcją Raymonda Lepparda na płycie DVD.
Najbliższe angaże to m.in. dalsze kreacje roli Claudia podczas produkcji Göttingen International Händel Festival, udział w produkcji Agryppiny w Brisbane, Truffaldino w Ariadnie na Naksos (Nederlandse Reisopera), Kreonw Medei (Opera Atelier) oraz występy koncertowe z zespołami Les Arts Florissants, Le Concert Spirituel i Capella Mediterranea.