Ukończyła Akademię Muzyczną we Wrocławiu (klasa klawesynu Marty Czarny-Kaczmarskiej) oraz Conservatoire Royal w Brukseli w klasie klawesynu i zespołów kameralnych Hermana Stindersa (dyplom mistrzowski). Już podczas studiów intensywnie koncertowała jako solistka i kameralistka, współpracując z licznymizespołami specjalizującymi się w grze  na instrumentach historycznych, oraz zgłębiała tajniki muzyki dawnej, pracując pod kierunkiem m.in. Petera Van Heyghena, Bartholda Kuijkena, Hidemiego Suzuki, Jacques’a Ogga i Larsa Ulrika Mortensena. Aleksandra Rupocińska koncertowała pod batutą takich artystów, jak Paul McCreesh, Reinhard Goebel, Giovanni Antonini, Alfredo Bernardini, Benjamin Bayl, Rubén Dubrovsky, Hartmut Rohde i Jacek Kaspszyk. Występowała na scenach wszystkich polskich filharmonii oraz na licznych międzynarodowych festiwalach w kraju i za granicą. Od lat współpracuje z Wrocławską Orkiestrą Barokową i wieloma orkiestrami kameralnymi jako ceniona specjalistka w zakresie realizacji basso continuo w dziełach instrumentalnych, operowych i oratoryjno-kantatowych.

Artystka wykonuje także muzykę współczesną, w tym często utwory jej dedykowane. Jako solistka występowała z czołowymi polskimi orkiestrami specjalizującymi się w muzyce współczesnej, m.in. z Aukso (dyr. Marek Moś) i Orkiestrą Muzyki Nowej (dyr. Szymon Bywalec). Dokonała wielu prawykonań oraz nagrań archiwalnych najnowszej muzyki klawesynowej. Aleksandra Rupocińska zajmuje się również pracą dydaktyczną we wrocławskiej Akademii Muzycznej; w 2013 r. uzyskała stopień doktora habilitowanego sztuk muzycznych. W 2016 r. wraz ze studentami wrocławskiej Akademii zrealizowała polską premierę opery Deidamia Händla.