John Kruse rozpoczął studia w Konserwatorium im. Carla Nielsena w Odense (Dania) w 1980 roku.
W 1984 roku kontynuował naukę w Konserwatorium paryskim u prof. Guya Deplusa. W 1987 roku został przyjęty do Royal Danish Orchestra, w której grał do 1989, kiedy to otrzymał stanowisko klarnecisty-solisty w Odense Symphony Orchestra. Od lata 2005 jest solistą Royal Danish Orchestra. John Kruse dokonał wielu nagrań CD, m.in. dzieł W.A. Mozarta na klarnet basowy (basethorn), Kwartetu na koniec czasu Messiaena, koncertów klarnetowych Mozarta i Carla Nielsena, a ostatnio kwintetów klarnetowych Mozarta i Brahmsa. Artysta otrzymał nagrodę Jacoba Gade i Holger Bruusgårds Legat. Często występuje jako solista z orkiestrami symfonicznym w Danii i poza jej granicami. Ostatnio wykonywał Koncert klarnetowy Nielsena w Nowym Jorku z Royal Danish Orchestra.