Zespół został założony w 2009 roku przez Andrzeja Kosendiaka, dyrektora Narodowego Forum Muzyki im. Witolda Lutosławskiego we Wrocławiu, i od początku działalności pracuje pod kierunkiem Małgorzaty Podzielny. Od 2023 roku funkcję asystenta dyrektor artystycznej zespołu sprawuje Mikołaj Szczęsny.
Chór Chłopięcy NFM aktywnie uczestniczy w życiu artystycznym, koncertując z najlepszymi zespołami oraz dyrygentami, takimi jak: John Eliot Gardiner, Giovanni Antonini, Zubin Mehta, Giancarlo Guerrero, Jacek Kaspszyk. Jest zapraszany na wiele wydarzeń artystycznych odbywających się na przykład w ramach Międzynarodowego Festiwalu Wratislavia Cantans im. Andrzeja Markowskiego czy Leo Festiwalu, jak również do projektów produkcji filmowych (Agnieszki Holland czy Michała Kwiecińskiego), telewizyjnych i teatralnych. Występował również w Niemczech, Austrii, Czechach, Słowacji, Gruzji i Japonii.
W dyskografii zespołu znajdują się wydane przez NFM albumy: Salzburska Msza Maryjna (2015) z muzyką Mozarta, Witold Lutosławski. Opera omnia 07 (2018) z piosenkami dla dzieci, dzieła Marcina Józefa Żebrowskiego pod batutą Andrzeja Kosendiaka (2018), płyta This Day (2019) z muzyką Boba Chilcotta dla dzieci, album Światło zimowej nocy (2022) zawierający aranżacje kolęd i pastorałek Michała Ziółkowskiego z udziałem Chóru NFM i NFM Orkiestry Leopoldinum pod dyrekcją Małgorzaty Podzielny, a także najnowsze dzieło – Filharmonia Pana Kleksa (2023) – z aranżacjami utworów z filmów o Panu Kleksie.
Młodzi śpiewacy poza zajęciami wpisanymi w stały grafik pracy chóru uczestniczą także w odbywających się kilka razy w roku sesjach warsztatowych prowadzonych przez polskich i zagranicznych ekspertów. Chór zdobył dwa Złote Dyplomy podczas 55. Międzynarodowego Festiwalu Pieśni Chóralnej w Międzyzdrojach (2020) oraz Gold Prize The 11th World Peace Choral Festival Online Events w Wiedniu (2021). Zespół otrzymał również Złoty Dyplom i Nagrodę Specjalną za najwyższą punktację w kategorii chórów dziecięcych i młodzieżowych w Ogólnopolskim Konkursie Chóralnym odbywającym się w ramach Ogólnopolskiego Forum Chóralistyki „Wrocław Miastem Muzyki” (2021), Złoty Dyplom w edycji online Ogólnopolskiego Konkursu Muzyki Sakralnej „Dona Nobis Pacem” Polskiego Stowarzyszenia Animatorów Kultury „Kulturalny Koneser” we Wrocławiu (2022), I miejsce podczas konkursu Ohrid Choir Festival w Macedonii (2022) oraz Grand Prix w 42. Ogólnopolskim Konkursie Chórów a Capella Dzieci i Młodzieży w Bydgoszczy (2024).