Judith Pacquier po ukończeniu klasy fletu prostego oraz historii muzyki skoncentrowała się na swoim ulubionym instrumencie – cynku. Studia pod kierownictwem Williama Dongois i Jeana-Pierre’a Canihaca w Conservatoire National Supérieur Musique et Danse (CNSMD) w Lyonie ukończyła w 2001 r. Artystka występuje i nagrywa z takimi zespołami, jak Ensemble Elyma, Doulce Mémoire, Le Poème Harmonique, La Chapelle Rhénane, Accentus, Ensemble Artaserse, Amsterdam Baroque Orchestra, Göteborg Baroque, Concerto Copenhagen, Le Concert d’Astrée, Ludus Modalis, Ars Longa Ensemble, Weser-Renaissance Bremen. Grała także pod kierunkiem takich mistrzów batuty, jak Frans Brüggen czy Nikolaus Harnoncourt.

W latach 2000–2013 kierowała Le Conservatoire Itinérant, innowacyjnym projektem edukacyjnym Les chemins du baroque dans le Nouveau Monde (Alain Pacquier, Lionel Lissot). We współpracy z zespołem pedagogów odkrywała i upowszechniała dawne muzyczne praktyki wykonawcze obecne w Ameryce Łacińskiej, w szczególności na Kubie, w Paragwaju, Boliwii, Meksyku, Peru, Kolumbii i w Ekwadorze. W ramach projektu setki młodych muzyków mogły zapoznać się z barokową muzyką włoską, a także muzyką barokową Ameryki Łacińskiej.

Judith Pacquier jest profesorem cynku na wydziale muzyki dawnej Conservatoire Francis Poulenc w Tours. Jako ceniony pedagog, prowadzi także kursy mistrzowskie gry na cynku i improwizacji (Utrecht, Warszawa, Praga, Hoff, Lier).