Johannes Weisser występował na wielu scenach operowych (m.in. Staatsoper Berlin, Festspielhaus Baden-Baden, Theater an der Wien, La Monnaie w Brukseli, Théâtre des Champs-Élysées, Teatro Real w Madrycie, Canadian Opera Company, Megaron w Atenach, Norweska Opera Narodowa, Duńska Opera Królewska) i na festiwalach w Salzburgu,
Edynburgu czy Innsbrucku (Festwochen der Alten Musik). Śpiewał w Eugeniuszu Onieginie Czajkowskiego (rola tytułowa), Don Giovannim (partia tytułowa oraz Leporella), Così fan tutte (Guglielmo), Czarodziejskim flecie Mozarta (Papageno), Cyganerii Pucciniego (Schaunard), Don Pasquale Donizettiego (Malatesta), Billym Buddzie Brittena (Mr. Flint), Ifigenii w Aulidzie Glucka (Agamemnon) oraz w wielu innych operach barokowych i współczesnych.
Jest rozchwytywanym śpiewakiem koncertowym i oratoryjnym. Regularnie występuje w salach koncertowych i podczas festiwali w całej Europie, Azji oraz Ameryce Północnej, obok wiodących orkiestr i dyrygentów. Ogromnym powodzeniem cieszą się jego recitale pieśni z Leifem Ove Andsnesem przy fortepianie.
Johannes Weisser brał udział w wielu nagraniach, m.in. wykonując rolę tytułową w Don Giovannim. Wysoko oceniony został jego album z pieśniami Griega.