Artystka studiowała śpiew i fortepian w Konserwatorium w Brnie – w swoim rodzinnym mieście, następnie u Evy Blahovej w Wyższej Szkole Sztuk Scenicznych w Bratysławie. Zdobyła szereg głównych nagród konkursowych zarówno w Czechach, jak i na arenie międzynarodowej, ich zwieńczeniem była I nagroda w VI Międzynarodowym Konkursie Mozartowskim w Salzburgu w 1995 r. Magdalena Kožená podpisała kontrakt z wytwórnią Deutsche Grammophon w 1999 r. i od razu nagrała swoją pierwszą płytę z ariami Bacha, wydaną w serii Archiv Produktion. Dwa lata później ukazał się jej album z pieśniami Dvořáka, Janáčka i Martinů (Deutsche Grammophon), który został wyróżniony Gramophone Classical Music Award w kategorii „Solo Vocal”.
Uznana przez „Gramophone” za Artystkę Roku 2004, w ciągu kolejnych lat zdobyła wiele innych nagród, w tym Echo Klassik, Record Academy Prize (Tokio) i Diapason d’Or. W 2017 r. rozpoczęła długoterminową współpracę z holenderską firmą Pentatone. W maju 2019 r. ukazał się pierwszy album nagrany dla tej wytwórni, Il giardino dei sospiri, zawierający zbiór scen ze świeckich kantat o tragicznej miłości autorstwa Händla, Lea i Marcellego; został zarejestrowany z towarzyszeniem klawesynisty Václava Luksa i czeskiej orkiestry barokowej Collegium 1704. Jej następna płyta Soirée – Magdalena Kožená & Friends, wydana we wrześniu 2019 r., to nagranie muzyki kameralnej, oddające istotę nieformalnego, domowego muzykowania.
Śpiewaczka współpracowała z wieloma wybitnymi dyrygentami, takimi jak Claudio Abbado, Pierre Boulez, Gustavo Dudamel, John Eliot Gardiner, Bernard Haitink, Nikolaus Harnoncourt, Mariss Jansons, Charles Mackerras i Roger Norrington. Podczas recitali występowała z towarzyszeniem Daniela Barenboima, Yefima Bronfmana, Malcolma Martineau, Andrása Schiffa i Mitsuko Uchidy, m.in. w takich prestiżowych salach, jak Carnegie Hall, Wigmore Hall, Alice Tully Hall, Concertgebouw (Amsterdam), jak też w ramach festiwali w Aldeburgh, Edynburgu i Salzburgu. Artystka wykonuje dawny repertuar zgodnie z historycznymi praktykami wykonawczymi, współpracując z wybitnymi zespołami grającymi na instrumentach historycznych, w tym z Venice Baroque Orchestra, Orchestra of the Age of Enlightenment, Il Giardino Armonico, Les Musiciens du Louvre, La Cetra Barockorchester Basel i Le Concert d’Astrée. Jest także ceniona jako solistka koncertowa – śpiewała z Berliner Philharmoniker, Wiener Philharmoniker, Filharmonią Czeską, Cleveland Orchestra, Philadelphia Orchestra i Royal Concertgebouw Orchestra.
W repertuarze operowym śpiewaczki znajduje się partia Zerliny w Don Giovannim Mozarta, którą wykonała podczas Salzburger Festspiele w 2002 r. Ponownie gościła na tym festiwalu w 2013 r. jako Idamante w Idomeneo Mozarta, w tej roli była oklaskiwana także podczas Glyndebourne Festival Opera oraz w Berlinie i Lucernie. Artystka po raz pierwszy wystąpiła w Metropolitan Opera w Nowym Jorku w 2003 r. jako Cherubino w Weselu Figara Mozarta i od tego czasu jest tam stałym gościem, m.in. kreowała tytułową rolę w Peleasie i Melizandzie Debussy’ego (reż. Jonathan Miller) w sezonie 2010/11 oraz Oktawiana w Kawalerze srebrnej róży R. Straussa w sezonie 2019/20. Partię Oktawiana artystka śpiewała również w Staatsoper Berlin w 2009 r. i podczas Osterfestspiele Baden-Baden w 2015 r. Inne słynne role operowe w jej interpretacji to tytułowe role w Carmen Bizeta (Osterfestspiele i Sommerfestspiele Salzburg 2012), Medei Charpentiera (Theatre Basel 2015) i Juliette Martinů
(Staatsoper Berlin 2016).
W ostatnich sezonach Magdalena Kožená odbyła kilka tournée po Europie i Azji w repertuarze podkreślającym jej kunszt i wszechstronność. Eklektyczna mieszanka dźwiękowych światów i inspiracji to również koncerty z czeskim zespołem jazzowym The Melody Makers, z którym śpiewa piosenki Cole’a Portera oraz inne swingujące i bigbandowe utwory z lat 30. i 40. XX w., półinscenizowane wykonania muzyki Claudia Monteverdiego i Luciana Beria (reż. Ondřej Havelka) oraz występy z hiszpańskim zespołem barokowym Private Musicke i z Antoniem El Pipa i jego Compañía de Flamenco; w programie zestawiono czyste, pierwotne flamenco z muzyką hiszpańską epoki baroku, a był on wykonywany m.in. w Hamburgu (Elbphilharmonie) i ojczyźnie flamenco – Madrycie i Barcelonie. Projekty te będą powtarzane w kolejnych sezonach.