Urodzony w Rzymie artysta przeniósł się do Holandii w 1981 r., aby studiować grę na oboju barokowym i muzykę dawną, m.in. pod kierunkiem Bruce’a Haynesa i Ku Ebbingego. W 1987 r. otrzymał dyplom Royal Conservatoire w Hadze. Występował w całej Europie, w Rosji, USA, Kanadzie, Japonii, Chinach, Korei Płd., Malezji, Egipcie, Izraelu, Ameryce Południowej i w Australii jako członek znakomitych zespołów barokowych, takich jak Hespèrion XX, Le Concert des Nations, La Petite Bande, Amsterdam Baroque Orchestra, Freiburger Barockorchester, The English Concert, Bach Collegium Japan, Balthasar Neumann Ensemble i in. Wziął udział w ponad 100 nagraniach. W 1989 r. założył Ensemble Zefiro wraz z braćmi Paolem i Albertem Grazzimi. Jego nagrania z Zefiro zdobyły znaczące nagrody, takie jak Cannes Classical Award i Diapason d’Or de l’année 2009. Jako prowadzący współpracował z orkiestrami we Włoszech, Francji, w Niemczech, Hiszpanii, Portugalii, Belgii, Holandii, Irlandii, Danii, Norwegii, Polsce, Wielkiej Brytanii, Szwecji, Kanadzie, na Kubie, w Australii, Izraelu oraz z European Union Baroque Orchestra.
W styczniu 2013 r. był doradcą i dyrektorem pierwszego projektu orkiestry barokowej „El Sistema de Musica” w Wenezueli. Jego badania nad historią instrumentów muzycznych dętych drewnianych zaowocowały kilkoma artykułami opublikowanymi przez ważne międzynarodowe magazyny. Od 1992 r. prowadzi klasę oboju barokowego w Conservatorium van Amsterdam, a od 2014 r. jest profesorem Universität Mozarteum w Salzburgu.
W latach 2002–09 uczył także w Escola Superior de Música de Catalunya w Barcelonie. Alfredo Bernardini wykłada również w ramach akademii muzycznych i kursów letnich we Włoszech, Francji, w Hiszpanii, Portugalii, Niemczech, Austrii, Danii, Izraelu i w Stanach Zjednoczonych.