W latach 1949–1956 studiował grę na fortepianie w klasie Wandy Chmielowskiej oraz kompozycję u Bolesława Woytowicza w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Katowicach. Studia uzupełniające odbył w latach 1962–1963 u Nadii Boulanger w Paryżu. Od 1967 r. prowadził klasę kompozycji w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Katowicach. W latach 1970–1974 kierował tam Katedrą Teorii i Kompozycji. W latach 1970–1971 przebywał w Berlinie jako stypendysta Deutscher Akademischer Austauschdienst. W 1973 r. rozpoczął pracę na stanowisku profesora w Hochschule der Künste Berlin, gdzie objął klasę kompozycji po Borisie Blacherze. Witold Szalonek jest odkrywcą „dźwięków kombinowanych” – wielodźwięków o specyficznej barwie, możliwych do uzyskania na instrumentach dętych drewnianych. Od 1970 r. na uczelniach muzycznych i uniwersytetach, m.in. w Danii, Niemczech, Finlandii, Polsce i Słowacji, prowadził seminaria i kursy dotyczące własnych technik kompozytorskich. Jego utwory były wykonywane na wielu festiwalach muzyki współczesnej, m.in. na Międzynarodowych Letnich Kursach Nowej Muzyki w Darmstadt, ISCM World Music Days, Warszawskiej Jesieni, Time of Music w Viitasaari, Inventionen w Berlinie, Alternativa Festival w Moskwie, Międzynarodowym Festiwalu Muzyki Współczesnej „Kontrasty” we Lwowie.