Urodził się w 1979 roku w Los Angeles, wychowywał w Stanach Zjednoczonych i Izraelu. Uczęszczał do Muzycznego Instytutu Curtisa w Filadelfii, w którym otrzymał stypendium Shanis Fellowship na studia dyrygenckie. W trakcie studiów współpracował z Christophem Eschenbachem w przygotowywaniu występów koncertowych Curtis Orchestra. Studiował także kompozycję w klasie Jamesa Primoscha na Uniwersytecie w Pensylwanii oraz w klasie Karlheinza Stockhausena w Niemczech i paryskim Instytucie IRCAM.
W 2013 roku Benjamin Shwartz został dyrektorem muzycznym Orkiestry Symfonicznej NFM. Jego wcześniejsze angaże to m.in. posada dyrygenta-rezydenta w San Francisco Symphony, gdzie asystował Michaelowi Tilsonowi Thomasowi, poprowadził wiele koncertów oraz z ramienia Wattis Foundation był dyrektorem muzycznym Młodzieżowej Orkiestry Symfonicznej San Francisco, z którą odbył europejskie tournée latem 2008 roku.
Shwartz dyrygował też m.in. Szkocką Orkiestrą Symfoniczną BBC, Szkocką Królewską Orkiestrą Narodową, Islandzką Orkiestrą Symfoniczną, Orkiestrą Symfoniczną z Trondheim, Orkiestrą Symfoniczną Nowego Świata oraz Orkiestrą Symfoniczną z Oregonu. W ostatnim czasie Shwartz zadebiutował z Filharmonią z Los Angeles, Tokijską Orkiestrą Symfoniczną, Filharmonią z Duisburga, Tyrolską Orkiestrą Symfoniczną z Innsbrucku oraz Gruzińską Orkiestrą Kameralną.
Shwartz jest aktywnym dyrygentem operowym. Kierował nową produkcją Beatrycze i Benedykta Hectora Berlioza wystawioną w Niemieckim Teatrze Narodowym oraz Zemstą nietoperza Straussa w Szwedzkiej Operze Królewskiej.
Jako oddany propagator nowej muzyki Shwartz kierował wieloma światowymi prawykonaniami dzieł takich kompozytorów swojej generacji, jak: Mason Bates, Nathaniel Stookey czy Zhou Tian. Jest dyrygentem projektu muzycznego Mercury Soul, nad którym sprawuje kuratelę wspólnie z kompozytorem Masonem Batesem oraz artystką sztuk wizualnych, projektantką i reżyserką Anne Patterson. Zespół prezentuje nowe utwory na instrumenty akustyczne i elektroniczne w klubach i innych nietypowych miejscach, skutecznie zacierając granice pomiędzy muzyką klasyczną, eksperymentalną i elektroniczną.
Benjamin Shwartz zdobył liczne nagrody, w tym Presser Music Award, a w 2007 roku został laureatem Międzynarodowego Konkursu Dyrygenckiego im. Gustava Mahlera organizowanego przez Orkiestrę Symfoniczną w Bambergu.